Tarrasque

二戰結束后，世界分成了2個部分---東方與西方，標志著冷戰的開始。
　　甦聯成功的發射了第一顆衛星，而作為其導彈核心技朮的掌管者正是一名叫Sokolov的科學家。他本人對于自己所發明的武器所給人類帶來的危害而感到日漸良心不安，于是離開了甦聯而逃到柏林墻以西尋求庇護。
　　兩年后爆發舉世震惊的古巴導彈危机，甦聯答應從古巴撤走核導彈，其真正交易條件是要求西方國家歸還Sokolov。（只有擁有Sokolov就等于擁有了最先進的武器技朮）
　　Sokolov從醫院被人強行帶回甦聯，妻離子散，他暗中發出請求美國能夠救回他。
　　根据線人提供的情報，Sokolov被關押在甦聯邊境叢林中的一個廢舊研究基地。
　　一名叫做Jack的美國士兵，被授予單獨執行這次營救行動，codename為"Snake"，空降地點是"處女崖"，行動代號為"貞結行動"。時間限制是4小時。負責提供信息幫助的是上司---Tom上校，女醫療保健人員--Paramedic，另一個是一位特別的女性，傳授Snake一切格斗朮和槍朮的老師----The boss。
　　The boss告訴Snake自己現在正在執行一項最高机密任務，所以現在並不和他們在一起，只是通過無線電給予信息幫助。
　　Paramedic告訴Snake自己並不是害怕丟掉自己的醫學學位才參與這次行動的，真正的原因是她對Snake很仰慕，所以特地來關注他。
　　Paramedic開始對Snake講解叢林生存的一切要領，包括如何取食和非常詳盡的生物講解，Snake耐心的听完后，上校無意間透露Paramedic曾經有個"Quack"的綽號，意思大約就是象鴨子那樣話匣子打開就關不上。對此Paramedic感到又氣惱又尷尬。
　　Snake穿過從林，沼澤，終于在廢基地找到了科學家Sokolov。這時Snake聯系The boss時，發現對方沒有應答，Tom上校也表示他們也和她失去了聯系，可能是暫時信號不好的原因。
　　Sokolov告訴Snake關押他的人正式目前甦聯机构KGB，直屬與甦聯最高領導人赫魯曉夫。而和KGB作對的机构GRU，則是最近甦聯崛起的另一派力量，領頭人是一名可以隨意操縱雷電的人----Volgen。Volgen 最近正在招募力量，意圖奪取政權，所以肯定也不會放過他的，請求Snake趕快把他救回美國。
　　兩人剛從屋里出來，就被一群KGB守衛士兵包圍，這時候GRU机构的上校Ocelot登場了。上頭派他來的目的正是搶奪Sokolov，于是一場黑吃黑的大戲上演了。在解決了KGB士兵后，Ocelot對自己的對手不是預想中的The boss感到略有失望，但令他沒想到的是，Snake使用CQC技朮瞬間就制服了他，在暈過去之前，他略感欣慰的是Snake承認他剛才耍槍那几下子确實漂亮。
　　Snake帶著Sokolov返回途中，Sokolov告訴Snake自己正在被迫開發一種新型合金裝備--SHAGOHOD 最大優勢就是搭載核發射裝置，射程最遠達6000里，由此可以打向美國任何一個地方，而且由于其隱蔽性和机動性還不會被雷達系統發現，一旦發明成功后果不堪設想。而目前第一階段實驗已經完成。
　　返回吊橋的途中，Snake惊訝地遇見了自己的老師The boss，The boss告訴Snake她已經投靠了甦聯，投靠了Volgen，這樣就可以和自己曾經的戰友眼睛蛇部隊又在一起了。而給新東家的見面禮就是Sokolov和兩枚小型核導彈。
　　Volgen詢問The boss為何不也帶上Snake一起投奔過來，The boss說Snake還太嫩，不配做為眼睛蛇部隊的一員。因為Snake已經看到了Volgen的臉，Volgen打算不留活口下殺手的時候，The boss制止了他，要求由她來動手。兩人交手中The boss打折了Snake的手臂，接著把他摔下了吊橋。跌進了河谷。
　　在直升机上Volgen得意洋洋羞辱了一番他們捉到的Sokolov的情人---Tantyala，接著拿起自己新到手的小型核導彈，打算用它來摧毀那個廢舊研究基地。Ocelot在一旁极力勸阻，盡管和他們是敵對勢力，但畢竟大家是民族同胞。Volgen輕蔑的說這就是戰爭，接著發射了導彈，整個基地化為了灰燼。
　　Snake順著河流漂到了岸上，親眼目睹了核彈的威力。接著救生傘裝置到達，Snake被營救。
　　赫魯曉夫給美國總統打電話，表示自己的基地被一枚美國核導彈摧毀，而且雷達系統探測到當時侵入甦聯邊境正是一架美國飛机（Snake他們乘坐的那架），要求美國方面給一個說法，美國總統表示他們政府完全不知道此事，那完全是叛變的The boss個人行動，因為她投敵的時候偷運走了兩枚核導彈。赫魯曉夫對此表示怀疑，威脅美國方面要在一周以內証明清白。否則不惜發動核戰爭還以顏色。
　　一周后，Snake出院了。Tom上校來探望他，給他帶來了一個新的任務。是美國最高方面祕密指示的，代號"食蛇者行動"。目的一是再次營救Sokolov，二是摧毀合金裝備SHAGOHOD，三是消滅The boss，証明美國政府的清白。為了抓住振興Fox的机會，為了自己不上軍事法庭接受審判，Snake再次接受任務。
　　Snake乘坐SR-17再次空降到了故地。時間是夜晚。這次負責提供信息幫助的依然是Tom上校和Paramedic，不同的是多了一名武器專家---Mr.Sigint。他將提供武器方面的信息。他自豪地說Snake使用的不少裝備，包括動態探測儀是他的發明。
　　Paramedic告訴Snake，她曾在Snake住院期間看望過他，不過Snake當時處于昏迷狀態，渾身被繃帶裹著象個木乃伊，所以只能遠遠的"看望"。
　　Tom上校告訴Snake，雖然這次是政府祕密指示行動，但是為了証明政府的清白，所以他們仍然不提供任何正面官方的幫助，而唯一提供的幫助就是到了目的地后，會有一名代號"ADAM"的特工負責和他接頭。ADAM是美國兩年前就派到GRU的兩個臥底之一，他應該知道Sokolov目前的所處地點。接頭暗號是Snake詢問"愛國者是誰？"，回答暗號"La-Li-Lu-Le-Lo"。
　　Snake剛剛開始行動，意外地再次遇見了The boss，The boss叫Snake現在放棄任務回去還來得及，不要再有什麼企圖。Snake質問她為什麼叛變，The boss說她並沒有叛變，並且自己一直效忠于自己的任務，或許Snake現在不能接受，將來總有一天會理解的。接著The boss打坏了Snake的槍，故意制造火勢引來敵兵，接著揚長而去。
　　Snake借助夜幕的掩護，成功的到達了指定的接頭地點，這時一名騎著摩托車的女性登場，看來是接頭的間諜ADAM了，在Snake詢問暗號以后，這名女性卻遲遲答不上來，正當Snake起疑的時候，周圍突然出現了几名GRU士兵。Snake突然意識到這是一個圈套，而令意外的是這名女性卻几槍漂亮地干掉了那几名士兵。解救了Snake。
　　女性告訴Snake，她名叫"Eva"（夏娃），和ADAM一樣，正是派往GRU的那兩名間諜之一。這次改由她來和Snake接頭。Snake詢問變故的原因，Eva得意得說想在Volgen身邊做臥底，女人可比男人有利得多。
　　Eva告訴Snake，"聖經"上說正是蛇引誘了伊甸園的夏娃，那麼他這條蛇是不是來引誘她的？她可以為Snake做一點特別的"服務"----她來放哨，Snake應該象個乖孩子一樣睡一會。Snake猶豫該不該相信她的時候，Paramedic來電告訴他應該听話，小睡一會兒養足精神，現在離天亮還有一會。並告訴這是醫生的命令。
　　Snake睡了，窗外的Eva則悄悄地打開了無線電聯絡系統，好象在和誰聯系著了什麼。
　　清晨，Snake醒來，卻以外的發現OCELOT帶著几名士兵前來，包圍了他們所處的屋子，情況緊急，Eva自告奮勇地負責引開OCELOT，Snake則負責干掉他的手下。Snake囑咐她要小心，Eva表示沒問題。
　　Snake干掉士兵后，OCELOT卻挾持著Eva登場了，畢竟她不是OCELOT的對手。而正當OCELOT朝Snake開槍的時候，卻發現槍里沒有了子彈，原來，他現在換用左輪槍后，忘記了左輪一次只裝填6發子彈。這個致命的失誤令他頓時失去了優勢，接著Eva和Snake輕松的制服了他，在他逃走的時候，Eva正准備從背后射殺，但被Snake阻止，理由是"他還年輕"
　　時候不早了，Eva急著趕回GRU那邊，以免他們起疑，于是先走一步。Snake听從她的指示，要到達Sokolov的關押地點，路還有很遠，筆直向北走就可以了。
　　路上Paramedic向Snake講解各種可以獵取的生物，並問Snake有沒有看過電影"怪物哥斯拉"，Snake說沒有，Paramedic告訴Snake那是一部反核戰斗的影片，哥斯拉正是核彈爆發所誕生的怪物，最后它几乎把整個日本的東京給摧毀了。所以得出結論Snake這次行動一定要成功，不然核戰斗爆發后果實在太可怕。Snake答應了。接著Paramedic告訴Snake如果他能再活50年，肯定可以在美國看到這部經典的片子，理由是2004年是哥斯拉50周年誕生記念日，肯定會有些慶祝活動的。
　　穿過池塘，叢林，敵兵倉庫，Snake再次遇見了OCELOT，這次OCELOT叫手下全部退開，自己要和Snake一對一，報自己兩次受辱之仇，並說自己這次吸取了教訓，帶來2支左輪槍，這樣一次就有12發子彈了。
　　Snake再次打敗了OCELOT，這時突然從天而降一大群馬蜂，OCELOT等人四處作鳥獸散，Snake也被蟄得苦不堪言，慌忙中掉進了一個黑漆漆的洞穴。
　　在洞穴里，Snake找來火把，並和Eva聯系，Eva告訴他洞穴正是他的必經之路，只要順著洞穴往前走，就可以出來了。
　　Snake用火把驅趕著洞穴里的蝙蝠，艱難的前行。這時Paramedic來電開始講解蝙蝠這種生物，被Snake趕快制止了，理由是她肯定會由蝙蝠扯到那些吸血鬼的電影，Paramedic表示她不會的，但是三句不離本行，最終饒著彎子還是回到了"Dracula"這部電影，發覺說漏嘴后趕快道歉，這時她意外的發現Snake原來有些忌諱吸血鬼的，在數次追問后，Snake都堅決否認自己害怕吸血鬼，但是Paramedic從他的語氣中更是堅信了這一點，于是感到了一點快意，總算還了一次"顏色"。
　　Snake快要到達洞穴的出口，卻遇見了眼鏡蛇部隊成員之一--"the pain"，原來剛才那一群馬蜂就是他操縱的，接著一場戰斗開始了，Snake沒費多少工夫就打敗了他。
　　Snake走出了洞穴，穿過了一片水洼，到達了一處基地設施，終于發現了Sokolov，但此時Volgen等一干人正在一旁，Volgen用電折磨了一番Sokolov的情人Tantyala后，The boss來了，告訴Volgen趕快加緊這里的守衛強度，因為她剛剛得到消息，自己的部下The pain已經被Snake干掉了，Volgen聞言憤怒之下打爛了墻壁。接著押著Sokolov趕快轉移了。
　　Paramedic來電又同Snake聊起了電影，Snake奇怪為什麼她會單人一人看這些女孩本來不怎麼敢看的片子，Paramedic說是別人邀請她看的，並承認這是一個約會，那個男孩懇求她等他的傷好了就陪他一起看那部片子，Snake詢問那個男孩現在怎麼樣了，Paramedic回答說他已經不幸死了，之后兩人都陷入了沉默。
　　Eva來電告訴Snake，離這里不遠有一處研究樓，他們應該會把Sokolov轉移到那里去的，接著向北走就可以到達。
　Snake突破了基地設施，繼續向前走，接著又是一片叢林，這里有很多毒蛇出沒，陷阱密布。只有步步小心。為了給Snake解悶，Paramedic開始給他講解各種蛇類小知識，突然她意識到自己在形容蛇的時候居然用上了"可愛"這個詞匯，連她自己都不相信，Snake問她怎麼了，Paramedic說一個正常的女性見到蛇應該大聲尖叫和恐懼才對，怎麼自己居然這麼不正常的用上了那個形容詞，Snake故意反問說難道你始終認為你是一個"正常"的女性嗎？
　　終于到達了Eva所說的研究樓，這里Snake 裝扮成一名研究員成功的找到了Sokolov所在的房間，但令他意外的是，找到的不是Sokolov，而是另一名軍事武器科學家 Glanin，Glanin說自己曾經也是為GRU提供軍事武器開發，不過當權者最后放棄了他的策划，而選擇了Sokolov，就因為該死的Sokolov，他失去了當權者的資金投資，自己一切研究計划都泡了湯。而本來他要進行的是一項偉大的研究---這其中最絕的創意要是要讓自己設計的武器有自己的"雙腿"，這樣就可以象人一樣無視任何障礙具有超強的机動力了。在他的草圖中，Snake看到了未來的"合金裝備"的影子。 Glanin說他自己這輩子都從事武器研究，但是最后當局者卻不顧他的反對試圖在他的武器裝置中加入核能量發射裝置，因此他最終發現科學家只不過是被利用的政治工具而已，他所發明的這些東西絲毫不能造福人類，只有帶來戰爭和不幸，他厭倦了這種生活，但也無可奈何，只有每天在那里借酒澆愁。
　　Snake告訴他現在就要去找Sokolov了，而且他也不容許SHAGOHOD這種危害人類的武器存在，作為幫助，Glanin給了他一把可以打開基地設施曾經鎖著的一扇門的鑰匙----理由是Snake夸了他的鞋子很漂亮。
　　返回基地設施的從林途中，Snake遇見了眼鏡蛇部隊成員之二----The fear。經過一番苦戰，Snake打敗了這個會隱身的棘手家伙。
　　Snake的"旅途"中，Paramedic又來跟他講話解悶了，這次他們談到的是OCELOT這個人，Paramedic說OCELOT是美國邊境地帶一種野生的山貓的名字，她對一個俄羅斯人卻取著美國的一種豹貓代號感到不解，Snake猜測可能他的本意就是形容他的動作象貓一樣敏捷。
　　武器專家Sigint來電詢問Snake關于Eva使用的左輪手槍的事，根据他的了解，那種槍是基于中國制造的"毛瑟"而改良而來， 使用方法比較特別，令他不解的是為什麼一個西方女人會那麼熟練地使用中國制造的武器。
　Snake返回基地設施，利用Glanin給他的鑰匙打開了一扇鎖著的門，繼續前進的時候，Eva來電了，要他小心，因為前方有一名眼鏡蛇部分成員The end在等著他。那是一名狙擊手，為了等待目標可以在同一個地方保持一動不動，耐力惊人。將是一場艱苦的持久戰。Snake表示自己年輕，拼耐力肯定獲胜，Eva警告他不可大意，The end是白天狙擊技朮的創始人，The boss的狙擊技朮都是他傳授的，而且他還擁有不可思議的自然力，可以采集"大地之靈氣"來補充體力。所以還是要小心為上。
　　Snake遭遇了The end，經過一番拼毅力的斗爭，終于擊敗了他。此時Eva來電，告訴Snake，穿過這片叢林，可以到達一個隧道，然后，從隧道的梯子開始登山，她在山頂和他再接頭。
　　在路上，Snake詢問Eva此時這段時間她在干嗎，Eva卻反問Snake你想我此刻正在做什麼，Snake說就是因為不知道所以才問你現在在干嗎，EVa再次反問Snake為什麼想知道我現在在干嗎，Snake有點生氣了，叫EVa能不能不反問他的提問，Eva卻惊訝得問Snake是不是瘋了干嗎發火，Snake悻悻得關掉了無線電。
　　到達隧道，爬上梯子，躲過敵兵的監視，Snake成功的到達了山頂和Eva接頭的小屋。
　　Snake到達的時候，Eva正在換衣服，Snake惊訝的見到她滿身都是傷痕，Eva說這是Volgen虐待的結果，他就是這麼一個**狂。Snake這時指著一條芭痕詢問由來，說這條傷痕跟別的不一樣，它明顯要早得多，EVa輕描淡寫的敷衍了几句，並責怪Snake不敢問這麼多，因為"一個女孩應該有她自己的一點隱私"。
　　Eva詢問Snake有沒有愛人，Snake說自己對別人的生活不感興趣，Eva說Snake卻對The boss怀有獨特的感情，應該是愛上她了。Snake卻說那並不是愛，而是一種特別的情感，象愛人又向恩師，自己的一半是屬于The boss的，Eva表示自己實在不能理解一個男人跟一個女人之間除了愛或者恨以外還有第三種感情。
　　遠處一聲轟鳴打算兩人的談話，二人來到外頭，Snake終于從山頂俯瞰到了GRU的整個軍事研究，實在是龐大無比，存放著無數的武器彈葯，當然還包括那可怕的SHAGOHOD。 Eva表示時間不多了，自己又要趕回GRU那邊，于是駕駛著摩托飛越山澗駛向了基地。
　　Snake從望遠鏡仔細的觀察整個基地，這時他居然看見了Volgen，原來Volgen已經知道他們中間有間諜了，他怀疑是 Glanin，于是把他塞進油桶里用電嚴刑拷問，年邁的Glanin，經不了几下就暈死了過去，Volgen從他鞋跟下找到一個祕密無線電接收裝置，說這就是間諜的証据。這時候tantyala悄悄的走了過來， OCELOT質問她剛才跑哪去了，皮靴都弄破了，這時候Snake從望遠鏡里注意到原來tantyala就是Eva，因為剛才他見到Eva換衣服時穿的正是那雙有點磨破的皮靴。OCELOT圍著tantyala轉了几圈，說他好象在哪里曾經聞過這股香水味。怀疑她才是真正的間諜。
　　正當tantyala戰戰兢兢的時候，The boss來了，告訴Volgen她的眼鏡蛇部隊已經死了3個，全是Snake干的，而且她預感Snake馬上就會來到這里，叫上校把這里的警戒再加強一些。對于手下的死Volgen憤怒得無以復加，咆哮著Snake的真正目的肯定是來搶奪保存在他這里的晶片--"哲人計划"（抱歉這個我實在無法准确理會）。此語一出，The boss， OCELOT，tantyala都把目光集中到了這塊晶片上，原來20世紀初，甦聯，美國和中國這三個國家的實權派有一個祕密集會，為了控制整個世界，世界各地都有他們所安排的"哲人"，也就是他們四處安排的精英部隊。這個晶片里包含了無數的軍事机密，只要擁有了它，就等于擁有無窮的軍事力量，經過了几十年的變遷，祕密組織的最初成員都已物是人非，而他的父親恰巧是哲人之一，因此他才得知這個祕密，而目前憑借著他的財富和目前掌握著的軍權，加上這塊晶片，只要SHAGOHOD完成，就沒人是他的對手！所以這塊晶片無論如何都絕對不能讓別人從他這里奪走！
　　Snake從山道下山，拿著Eva給他的一個鑰匙，打開一扇門開始前往GRU的軍事總基地。這時Paramedic來電聊起了剛才Eva送給Snake那兩袋日本產的方便面的話題。她告訴Snake那種方便面富有多種營養，而且保存期長，方便食用。並問Snake會不會吃，Snake說既然你都說它們這麼好我當然要自己吃了，干嗎問這個，Paramedic支吾著回答說如果你不吃，就帶回來留給我。Snake突然意識到Paramedic好象對日本了解得很多，他的印象就只停留在日本的女人好象很苗條的樣子，Paramedic驕傲得說日本是一個很不錯的國家，她很喜歡。
　　在途中，Snake終于遇見了眼鏡蛇部隊另一人----帶有噴火裝置的The fury。再次經過苦戰胜利后，The fury 喃喃的說"The boss。現在就只剩你一人了，我現在就要去了，要和Sorrow在一起了。"接著自爆身亡。
　　Snake到達軍事基地，這里戒備很嚴，Eva告訴他Sokolov被藏在西棟，而想進入西棟，必須經過東棟，那里只有高級軍官才能進入，所以Snake必須化裝成他們自己人才行，這時候她告訴Snake可以化裝成一個叫做 "Raikov" 上校的家伙，那家伙身分很高，可以自由進出那邊
　　Snake成功的打暈了Raikov，剝走他的衣服，戴上面具。化裝成了他的樣子。Eva來電表示贊許，說偽裝簡直象得連他媽都分辨不出，而且Snake可以為所欲為，Snake詢問當面揍那些家伙的臉可以嗎？Eva說可以，因為那個家伙本來就是一副愛隨便打人的德性。
　　Snake順利得來到了關押Sokolov的房間，意外的發現Eva也在這里，而且從Sokolov手中拿走了一個資料磁盤。躲開Eva以后，Snake見到了Sokolov，Sokolov卻說Snake來得太晚了，SHAGOHOD第二階段也已經徹底完成，而且他已經沒有利用价值了，隨時可能被殺掉滅口，Volgen大佐的野心已經沒人能阻擋了。Snake卻說現在還來得及，成品就一台，趁SHAGOHOD還沒量產前趕快摧毀它，接著炸毀整個基地，還可以挽回局勢。
　　此時Volgen突然進來了，原來他是雙性戀，他的男情人正是Snake化裝的Raikov！一切都逃不過他的眼睛，但他沒想到Snake的CQC威力巨大，一下居然將他摔倒在地，但是這時The boss又來了，面對自己的老師，Snake再次敗北，被制服后，Volgen狠狠地把Snake打暈了過去。
　　Snake醒來發現自己被吊了起來，一頓痛打拷問之后，Snake從身上掉出了無線電定位系統晶片，Volgen拾起來詢問這是哪來的，眾人面面相覷。危急關頭The boss承認這是她偷偷安在Snake身上的，這樣她才能暗中掌握Snake的行動路線。Volgen要The boss親手挖掉Snake的一只眼睛。正當The boss下手的時候，Eva抱住了她，懇求她不要下手。OCELOT此時發話了，說他終于明白了，Eva就是真正的間諜，因為她處處袒護Snake，還有那股熟悉的氣味。他以前想不起來，現在想起來了那不是香水而是汽油的味道，這麼說來她就是自己曾經遇見的騎摩托的女性了。Eva极力否認的時候，OCELOT決定要用左輪槍的"Russianshow"（一種類似于俄羅斯圓盤的賭命方式）來裁決她是不是清白的，危机時刻Snake瞅准了裝有子彈的那只真槍，用頭撞向OCELOT，而那顆子彈偏離方向剛好射向了Snake的臉，打瞎了Snake的右眼。Eva失聲痛哭，The boss則順勢打了OCELOT一個耳光，這場拷問總算結束了。
　　The boss臨走將一課裝有假死葯的子彈射進了Snake的腿，並悄悄地叫Snake自己逃掉。
　　Snake在牢房里給Paramedic通信，叫她講點什麼好分散疼痛的注意力，于是Paramedic給Snake講起了一部電影，講述的是一名囚犯被關進了集中營，但他沒有始終沒有放棄越獄的念頭，因為他的戰友答應必定會來救他的，在他被關押的日子，為了盡一切力量存活下去，為了生存他什麼都吃，最后几年過去了，在他自己都已感覺不出自己到底是人還是鬼的時候，終于等到了戰友的救助，但是他的戰友們卻發現在他們面前的是。Snake有氣無力得打斷說是吸血鬼。Paramedic惊嘆Snake原來這麼聰明。居然猜到了，Snake實在無話可說。
　　Snake作了一個噩夢，夢見自己變成了一個怪人，手上拿著兩把鉤子，在一個封閉的場所和一大群妖怪搏斗，打著打著自己還可以變身成更離譜的形象，居然象動物一樣，可以在地上飛快的爬來爬去。
　　夢終于醒了，Snake再次聯系Paramedic，告訴她自己做的這個奇怪的夢，Paramedic說可能是因為四周禁錮的環境讓人產生壓抑的感覺，因此有了那個怪夢。Snake卻埋怨說是因為Paramedic講的那個電影，害得他做了噩夢。Paramedic感到很內疚，向他道歉。並提醒Snake這可能是因為他真實的自我被壓抑得太久，導致虛假的一面掩蓋了他真實的一面，長期處與偽裝狀態中難免會有這些反映的。（也難怪，整個游戲Snake都要穿迷彩偽裝自己）。
　　Eva來電告訴他，看守他的警衛特別貪吃 ，如果Snake肯省點糧食分給他，或許會獲得他的好感，另外据說那人對美國囚犯有特殊的好感。
　　Snake分給看守一些食物，于是看守士兵和他閑聊了起來，並說他冷戰以前他就住在美國，在那里他還有妻子，孩子（這里有個有趣的設定是他的孩子長大后正好看守solid snake！），最后Snake從他給的照片上看到了開啟門的電台頻率。在用迷霧劑噴暈了看守后，成功的越獄了
　　遵照Eva的指示，Snake來到了緊急出口，這時Eva緊急來電告之Volgen已經發現他越獄，所以封鎖了他們預先設計好的緊急逃跑出口！但是沒辦法，后面追兵馬上就要到來，Snake只有硬著頭皮向前沖，到了盡頭，下面是瀑布無路可走，OCELOT已帶兵趕到，Snake跳下了瀑布。
　　朦朧中，Snake遇見了眼鏡蛇部隊最后一人--The sorrow，The sorrow擁有奇异的力量，可以可死去的亡魂對話，進而召喚亡靈對Snake 進行攻擊。在Snake 不知如何應付這個刀槍不入的家伙的時候，在"黃泉路"的盡頭，Tom上校緊急來電告之，在死后使用甦生劑就可以醒過來
　　Snake在岸邊終于醒了，Mr.Sigint 來電告訴Snake，根据他查的資料，原來The sorrow2年前就死了，他生前和The boss是特別親密的關系，但是自從冷戰后，美國和甦聯成了敵人，他們在戰場上遭遇了，為了完成任務，有一個必須得死，于是The sorrow把自己的生命交給了The boss，從此他的亡魂永遠圍繞著The boss 而不散。
　　Eva來電告訴Snake向前走，在瀑布的山洞前和他匯合。Snake到達山洞，見到了Eva，此時的Eva顯得格外的誘人，但是Snake仍然不為之所動。Snake答應這次任務完成后請她吃午飯，Eva提議吃日本的生魚片，Snake不理解，覺得生魚只有象他這樣野外生存的人才會去吃。Eva告訴他那是日本一種流行的料理，和他吃的不同。
　　接著兩人開始商定破坏整個Volgen軍事研究基地的計划，Snake負責在停放SHAGOHOD的倉庫里安放C3炸彈，EVa負責逃跑路線，並在逃跑必經的橋上也安放炸彈，過橋后以切斷追兵的路線。
　　Snake成功的潛回軍事研究基地，但當他安完炸彈以后Volgen帶著被俘的Eva出現了。Volgen終于什麼都知道了，他狠狠的用電折磨暈Eva后，考慮再三終于把"哲人計划"的晶片交給The boss叫她好好保管。剩下的就是要收拾Snake了，The boss同時帶走了Eva，說她由她來處理這個女人。在拎起Eva的同時她小聲的告訴Eva，剩下的一切由她來處理。
　　OCELOT想親手開槍殺掉Snake，被Volgen阻止，表示叫他好好看著，由他本人親自來，終于一場大戰開始了。OCELOT最后向Snake作出了一個手勢----CQC。
　　Volgen壯實如牛，刀槍不入，但Snake的CQC偏偏是他的克星，几個回合下來，在OCELOT的贊嘆聲中，Volgen終于倒下了。
　　整個基地都要爆炸，Eva駕駛摩托車來接Snake，正當二人逃出的時候，孤注一擲的Volgen駕駛著SHAGOHOD瘋狂的趕來了。Eva和Snake躲過追兵，逃過橋后，炸毀橋梁也沒有阻擋SHAGOHOD的前進，看來只有親自上陣解決它了。
　　一場大戰開始了，Eva駕駛摩托在前面做誘餌，吸引SHAGOHOD的注意力，Snake在一旁成功的用火箭彈摧毀了這個家伙，最后Volgen在一陣咆哮聲中被天雷劈中身亡。
　　追兵仍然沒有完，二人繼續駕駛摩托逃離，在湖邊他們預先停放了一家水上飛机，那時他們最后逃離的工具。而且Eva告訴Snake，The boss在湖邊等著他。
　　由于摩托漏油，最后他們撞上了一截樹干，而從坡上摔了下來。Snake沒多大的事，但他發現Eva卻不能動了，原來她跌下的時候被一截尖銳的樹枝貫穿了肋部。Eva叫Snake別管她，自己趕快走。Snake堅決不肯，要求帶她一起走，因為他需要她。听到了這句話，作為間諜處處被人輕賤的Eva感到了几分感動，緊接著Snake說沒有Eva不行，因為他自己不會開那個水上飛机Wig。原來是這樣，Eva苦笑了几聲，但是也認可了這樣的理由，忍痛拔出了樹刺，跟著Snake一起前進。
　　兩人躲過敵人的追捕，來到湖邊，Eva去啟動飛机，而Snake去要面對自己無法避免的一戰。完成他任務的最后一個部分---殺死the boss。
　　在漫山的山花中，The boss靜靜的佇立在那里，告訴Snake她等這一天很久了，她最終的愿望就是希望這個世界結束冷戰的局面，重新成為一個整體。她曾經也渴望在戰爭中展示自己，但是最終她認識到因為戰爭的殘酷，因為可能會使得你最親密的人成為你的敵人，而你卻不得不接受。由于美國和甦聯的對立，她曾經不得不在戰場上殺死她的愛人The sorrow 。而她曾經和The sorrow生育的一個孩子，剛出生就被"哲人組織"給帶走了，現在她已經沒有了生育能力。只有身上這條象蛇一樣的芭痕還記錄著當時的痛楚。至于她為什麼選擇Snake作為她傳授一切技朮的對象，是因為她發現他們的很多相同點，而他們的結局注定要相同的，那就是兩個人都不可能有未來。The boss的稱號只能有一個，失敗的人必須得死，而活著的人就得接著遭受將來無數戰爭的磨難。
　　Snake終于打敗了The boss，摳動了扳机。射死了她。整個山野的白花都被染成了紅色。
　　Snake和Eva終于順利起分，但是OCELOT陰魂不散的再次纏了上來，駕駛單人飛行器，撞破飛机的倉門跳了近來，兩人展開一陣肉搏戰后，兩人決定用Russianshow來決出自己的命運，Snake再次運氣胜出，但是他卻沒有摳動一起扳机，連OCELOT也不禁有所感悟了，跳下飛机，並說以后還會再想逢的。
　　這時Mig進入了KGB軍隊的領空，正當几架戰斗机准備打下他們飛机的危机時刻，Khruschevz最高指示命令他們僅僅返航，他們終于逃過了一劫。經過了數次生死患難，Snake也終于開始對Eva產生了好感。
　　再經過兩人激情的一夜后，第二天snake發現Eva不知何時已經走了。只留下了一盤留聲帶。Eva留言告訴Snake，其實她並不是真正的EVA，真正的Eva和ADAM都是男的，她從一開始就冒充了Eva，而假裝成KGB的間諜，潛入了GRU，所有的人都被她騙了，其實她的真實身份是來自中國的特工，除了美國，甦聯，其中中國也早就對"哲人計划"虎視耽耽了，沒錯，她本人就是"哲人"之一，曾在美國軍事机构里受訓，而在那里，恰巧The boss是她的教官，因此她成功了騙了所有人，但是騙不過The boss。The boss一開始就什麼都知道了，她最初叛變也是美國高層的指示，因為只有她那樣的重量級人物投靠對方，才能迎取對方的充分信任，那正是她開頭所提到最高机密的任務。而事情變化得很快，那次核爆炸后美國為了証明自己的清白，不得不舍棄她，為了效忠自己的國家，她也只能接受自己必須得死這個事實。她什麼也沒有埋怨，因為這就是任務，軍人就應該為任務而效忠至死。為了不妨礙你完成任務，她是絕對不可能當面告訴這一切真相的，她只是希望你能知道幕后的這一切，所以她最后救下了我，通過我來傳達給了你。本來我的任務是把"哲人計划"晶片到手后，殺死一切知情人的，但我沒有殺你，不是因為我愛你，也不是因為你曾經救過我，而是我答應過the boss的一個諾言，我必須遵守它。
　　Snake回到了美國，由于出色的完成了任務，被美國總統授于"big boss"稱號。他麻木地望著紛紛前來道賀的眾人。鎂光燈在四處閃耀。
　　墓園里，Snake手持鮮花與the boss生前的武器來到了The boss的幕前，Eva那最后几句話還停留在他耳邊----"Snake，the boss為了效忠自己的祖國不惜背上叛國的罪名而遭人唾罵，曆史書永遠也不會知道這一切的真相，而她選擇了默默的承受唯一的希望就是希望在你的記憶中，她並不是作為一個傳授你技朮的戰士，而是作為一個女人
　　她才是無愧的英雄，是一個真正的"愛國者"-----Snake庄嚴的敬上一個軍禮，潸然淚下。
　　几年后，赫魯曉夫政權倒台。而中國則核實驗成功
　　再過了几年，Eva音訊全無，沒有人知道她的下落。而The boss則組建了foxhound部隊。
　　最后是一通神祕的電話，是ADAM特工同美國總統之間的通話。
　　原來Eva拿走晶片不過是個半成品，而真正的則在他那里。並且他還收集了SHAGOHOD的戰斗資料，並說他偶然看過了Glanin設計的草圖資料，那個雙足戰車的創意很不錯，將來可以好好派上用場，現在除了總統先生，沒有人知道他才是真正一直躲在幕后的ADAM了
　　听他的聲音，再結合最后Snake的那一場肉博戰，對手報出自己的姓名前四個英文字母，原來ADAM就是OCELOT！
　　全文完。